派遣エンジニアとフリーランスエンジニアの明確な違いは、雇用関係といえます。
派遣エンジニアは一般的に派遣会社を通して企業に雇用をしてもらいます。一方、フリーランスは自ら企業に雇用をしてもらいます。

ここで重要なのは、派遣エンジニアは企業からもらった給料の何パーセントかを派遣会社に支払わなければならない点です。フリーランスは直接雇用なので、仕事を終えた時点で報酬が発生します。
ここで雇用関係の違いにより、報酬に違いが出てくることになります。

どちらの雇用方法にも、メリットとデメリットがあります。
派遣エンジニアは派遣先から仕事を依頼されるため、仕事の種類と幅が多く、仕事がないという事態にはなりません。デメリットとしては、雇用者に直接雇用されず、いつまでも派遣で終わってしまう可能性がある点です。

フリーランスのメリットは、企業と直接雇用をされているために報酬額をすべてもらえる点と、自分のエンジニアとしての能力が高ければ仕事がいくらでも獲得できる点です。デメリットとしては、企業の要求に応えた成果物を提出できないと、依頼が来なくなってしまうことが挙げられます。

どちらの雇用方法にも一長一短があり、どちらが自分に良い雇用法になるかは個人の能力次第になります。

気を付けなければならないのは、どちらの雇用方法も、雇用主にとってプラスとなる成果を上げられる人物が重要である点です。
派遣エンジニア、フリーランス関係なく、仕事をするうえで雇用主の要求に答え成果を上げられる提出物を作れる人が求められています。